Une boulangerie-pâtisserie de douze salariés à Tourcoing tourne depuis sept mois sans son chef de fabrication, en arrêt maladie prolongé de mois en mois. Les intérimaires se succèdent, la qualité varie, deux clients professionnels ont réduit leurs commandes. Le gérant voudrait recruter un remplaçant en CDI, mais il n'ose pas : on lui a dit qu'un salarié malade ne peut pas être licencié. Un confrère commerçant lui affirme au contraire l'avoir fait sans difficulté. Les deux ont en partie raison. Ce guide répond précisément à la question peut-on licencier un salarié en arrêt maladie, en distinguant ce que le Code du travail permet, ce qu'il interdit, et le cas particulier de l'accident du travail.

Le principe : la maladie n'est jamais un motif de licenciement

L'article L.1132-1 du Code du travail interdit de licencier un salarié en raison de son état de santé. Un licenciement motivé par la maladie elle-même est discriminatoire et donc nul (article L.1132-4). Le salarié peut alors demander sa réintégration avec paiement des salaires perdus ou, s'il ne la demande pas, obtenir une indemnité qui ne peut être inférieure aux salaires des six derniers mois, sans application du barème habituel (article L.1235-3-1).

Ce principe n'interdit pas tout licenciement pendant un arrêt. Il interdit de licencier à cause de la maladie. L'arrêt de travail suspend le contrat ; il ne le gèle pas. Lorsque l'arrêt est d'origine non professionnelle, l'employeur peut rompre le contrat pour un motif étranger à l'état de santé, à condition de pouvoir le démontrer. Lorsque l'arrêt fait suite à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, la protection est bien plus forte, et les motifs admis se réduisent à deux.

Licencier un salarié en arrêt maladie : les motifs admis

Les absences qui désorganisent l'entreprise

C'est le motif le plus fréquent et le plus encadré. La jurisprudence admet le licenciement d'un salarié dont les absences prolongées ou répétées perturbent le fonctionnement de l'entreprise, à deux conditions cumulatives. D'abord, une perturbation réelle et démontrée : retards de production, perte de clients, surcharge durable des collègues, impossibilité de pallier l'absence par des moyens temporaires. Ensuite, la nécessité de procéder au remplacement définitif du salarié, c'est-à-dire par une embauche en contrat à durée indéterminée, intervenue à une date proche du licenciement ou dans un délai raisonnable après celui-ci. Un recours à l'intérim, à un CDD ou une répartition des tâches entre collègues ne caractérise pas un remplacement définitif.

La lettre de licenciement doit viser expressément ces deux éléments : la perturbation et la nécessité du remplacement définitif. Le motif n'est pas l'absence en tant que telle, mais ses conséquences sur l'organisation. Plus l'entreprise est petite et plus le poste est spécifique, plus la démonstration est accessible ; dans un grand groupe disposant de nombreux salariés interchangeables, elle devient difficile.

Deux limites s'ajoutent. Si les absences trouvent leur origine dans un manquement de l'employeur à son obligation de sécurité, par exemple une surcharge de travail ou des faits de harcèlement, l'employeur ne peut se prévaloir de la désorganisation qu'il a lui-même provoquée. Et de nombreuses conventions collectives prévoient une garantie d'emploi : pendant une durée déterminée d'absence, souvent de trois, six ou douze mois selon l'ancienneté, le licenciement fondé sur la maladie est interdit. Certaines imposent aussi une mise en demeure préalable. La lecture de la convention applicable est donc la première vérification à faire.

La faute, commise avant ou pendant l'arrêt

L'arrêt maladie ne place pas le salarié à l'abri d'une procédure disciplinaire. Une faute commise avant l'arrêt peut être sanctionnée pendant celui-ci, à condition que la procédure soit engagée dans le délai de deux mois suivant la connaissance des faits par l'employeur (article L.1332-4). Pendant l'arrêt, l'obligation de travailler est suspendue, mais l'obligation de loyauté demeure : un acte de concurrence déloyale causant un préjudice à l'employeur, un dénigrement public de l'entreprise, des menaces, ou le refus de restituer des documents ou du matériel indispensables peuvent justifier un licenciement.

En revanche, le seul fait d'exercer une activité pendant l'arrêt ne suffit pas à constituer un manquement à l'obligation de loyauté : il faut que cette activité cause un préjudice à l'employeur. Quant au non-respect des heures de sortie ou à l'absence lors d'un contrôle, ils relèvent de la caisse primaire et de la suspension des indemnités journalières, pas d'un licenciement. Lorsque la faute est grave et que le salarié ne peut être maintenu, même suspendu, une mise à pied conservatoire peut accompagner la procédure, selon les règles rappelées dans notre article sur la mise à pied conservatoire.

Le motif économique

Un salarié en arrêt maladie peut être inclus dans un licenciement pour motif économique : suppression de poste justifiée par des difficultés économiques, une réorganisation ou une cessation d'activité. Les critères d'ordre des licenciements s'appliquent à lui comme aux autres, et l'arrêt ne peut servir à le désigner. Le salarié doit recevoir les mêmes propositions de reclassement et la même information que ses collègues.

Un autre motif personnel étranger à la santé

Une insuffisance professionnelle ou une mésentente objectivée, apparues avant l'arrêt, peuvent en théorie fonder un licenciement prononcé pendant celui-ci. En pratique, le calendrier rend ces dossiers très exposés : un juge se demandera pourquoi l'employeur a attendu l'arrêt pour agir. La rigueur de preuve exigée pour l'insuffisance est détaillée dans notre article sur le licenciement pour insuffisance professionnelle.

Et l'inaptitude ?

L'inaptitude n'est pas un motif de licenciement pendant l'arrêt, mais après. Elle ne peut être constatée que par le médecin du travail, en principe lors de la visite de reprise, et ouvre une procédure spécifique de reclassement. Elle est traitée en détail dans notre guide sur la procédure de licenciement pour inaptitude.

Licencier un salarié en accident du travail ou en maladie professionnelle

Pendant la suspension du contrat consécutive à un accident du travail, hors accident de trajet, ou à une maladie professionnelle, l'article L.1226-9 du Code du travail ne permet la rupture que dans deux cas : une faute grave du salarié, ou l'impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l'accident ou à la maladie. Toute rupture prononcée en dehors de ces deux hypothèses est nulle (article L.1226-13).

Le motif de désorganisation et de remplacement définitif, admis pour la maladie ordinaire, est donc exclu. L'impossibilité de maintenir le contrat s'entend strictement : une cessation totale d'activité de l'entreprise peut la caractériser, alors qu'un simple motif économique ne suffit pas à lui seul. La lettre doit préciser en quoi le contrat ne peut pas être maintenu.

La protection s'applique dès que l'employeur a connaissance de l'origine professionnelle possible de l'arrêt, même si la caisse primaire n'a pas encore statué. Elle couvre également le délai d'attente et les stages de réadaptation prescrits (article L.1226-7). Et elle ne prend pas fin avec le dernier jour de l'arrêt : tant que la visite de reprise n'a pas eu lieu, le contrat reste suspendu, et la protection avec lui. Un employeur qui laisse le salarié reprendre sans organiser cette visite prolonge donc lui-même la période protégée.

La sanction d'un licenciement nul est lourde : réintégration si le salarié la demande, ou indemnité au moins égale aux salaires des six derniers mois (article L.1235-3-1), à laquelle s'ajoutent les indemnités de rupture.

La procédure pendant l'arrêt : ce qui change et ce qui ne change pas

La procédure de licenciement reste celle du droit commun : convocation, entretien préalable au moins cinq jours ouvrables plus tard, lettre motivée envoyée au moins deux jours ouvrables après l'entretien. Les mentions obligatoires de la convocation sont détaillées dans notre article sur la convocation à l'entretien préalable côté employeur.

L'arrêt n'empêche pas de convoquer le salarié. Il est préférable de fixer l'entretien pendant les heures de sortie autorisées, et d'indiquer que le salarié peut se faire assister ou transmettre ses observations par écrit. L'employeur n'est pas tenu de reporter l'entretien au motif que le salarié est malade ; s'il accepte un report à la demande du salarié dans une procédure disciplinaire, le délai d'un mois dont il dispose pour notifier la sanction après l'entretien (article L.1332-2) court à compter de la nouvelle date. Le salarié n'est pas obligé de se présenter, et son absence n'interrompt pas la procédure.

Il faut se garder de tout contact qui pourrait passer pour une pression : appels répétés, demande de travail pendant l'arrêt, sollicitation de réponses rapides. Le rendez-vous de liaison, possible au-delà de trente jours d'arrêt (articles L.1226-1-3 et D.1226-8-1), a un objet de prévention de la désinsertion professionnelle ; il ne peut servir à préparer un licenciement, et le salarié peut le refuser sans conséquence.

Contrôler un arrêt suspect : la contre-visite, pas le licenciement

Face à des arrêts répétés qui semblent de complaisance, la tentation est grande de passer directement à la procédure de licenciement. C'est une erreur : un doute sur la réalité de la maladie n'est pas un motif de rupture. L'outil adapté est la contre-visite médicale. Lorsque l'employeur verse au salarié le complément de salaire prévu par l'article L.1226-1 du Code du travail ou par la convention collective, il peut faire procéder, à tout moment de l'arrêt, à un contrôle par un médecin de son choix, dans les conditions précisées par le décret n° 2024-692 du 5 juillet 2024 (articles R.1226-10 à R.1226-12). Le contrôle a lieu au domicile du salarié, ou au cabinet du médecin sur convocation, et ne peut se dérouler pendant les heures de sortie autorisées.

Si le médecin conclut que l'arrêt n'est pas justifié, ou si le contrôle n'a pu avoir lieu du fait du salarié sans motif légitime, l'employeur peut suspendre le versement du complément de salaire. Le salarié dispose alors d'un recours auprès du service du contrôle médical de sa caisse. La contre-visite agit sur l'indemnisation complémentaire, pas sur le contrat : elle ne permet pas à elle seule de licencier, mais elle peut éclairer la suite, par exemple lorsque, l'arrêt ayant pris fin sans prolongation, le salarié ne reprend pas son poste ni ne justifie son absence, situation qui relève alors du droit commun des absences injustifiées.

Préavis, indemnités et congés payés

Le salarié licencié pendant un arrêt maladie perçoit l'indemnité légale ou conventionnelle de licenciement dès huit mois d'ancienneté, sauf faute grave ou lourde. Le salaire de référence est celui des douze ou trois mois précédant l'arrêt, et non les mois d'arrêt eux-mêmes, moins rémunérés.

Le préavis obéit à une règle propre. S'il ne peut pas être exécuté parce que le salarié est toujours malade, l'indemnité compensatrice de préavis n'est en principe pas due, sauf si l'employeur a lui-même dispensé le salarié de l'exécuter ou si la convention collective en dispose autrement. Le préavis n'est pas prolongé par la maladie non professionnelle qui survient en cours de préavis.

Les congés payés méritent une attention particulière. Depuis la loi du 22 avril 2024, les périodes d'arrêt pour maladie ou accident non professionnel ouvrent droit à deux jours ouvrables de congés par mois, dans la limite de vingt-quatre jours ouvrables par période de référence (article L.3141-5-1). Les arrêts pour accident du travail ou maladie professionnelle sont assimilés à du travail effectif et ouvrent droit aux congés dans les conditions habituelles. Ces jours doivent figurer dans l'indemnité compensatrice de congés payés versée au solde de tout compte ; les oublier est une source fréquente de rappels.

Les alternatives au licenciement

Lorsque le motif de désorganisation est fragile, plusieurs voies méritent d'être étudiées. Le temps partiel thérapeutique ou un aménagement de poste préparé avec le service de santé au travail peuvent favoriser un retour. La rupture conventionnelle reste possible pendant un arrêt maladie, y compris consécutif à un accident du travail, à condition que le consentement du salarié soit libre et qu'elle ne vise pas à contourner les règles protectrices ; la Cour de cassation l'admet, sauf fraude ou vice du consentement. Son coût est détaillé dans notre article sur ce que coûte une rupture conventionnelle à l'employeur. Enfin, attendre la visite de reprise permet parfois d'obtenir un avis du médecin du travail qui clarifie la situation, dans un sens ou dans l'autre.

Questions fréquentes sur le licenciement d'un salarié en arrêt maladie

Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?

Oui, mais jamais en raison de sa maladie. L'employeur peut licencier pour une faute, un motif économique ou parce que des absences prolongées désorganisent l'entreprise et imposent un remplacement définitif en CDI. Un licenciement fondé sur l'état de santé est discriminatoire et nul.

Peut-on licencier un salarié en accident du travail ?

Seulement pour faute grave, ou en cas d'impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l'accident, comme une cessation totale d'activité. Toute autre rupture pendant la suspension du contrat est nulle. La protection dure jusqu'à la visite de reprise, et non jusqu'à la fin de l'arrêt.

Comment licencier un salarié en arrêt maladie longue durée ?

Il faut démontrer que les absences perturbent réellement le fonctionnement de l'entreprise et que le remplacement définitif du salarié par une embauche en CDI est nécessaire. La convention collective doit être vérifiée, car elle prévoit souvent une garantie d'emploi pendant une certaine durée d'absence. La lettre de licenciement doit mentionner expressément la perturbation et la nécessité du remplacement.

Un salarié en arrêt maladie peut-il être convoqué à un entretien préalable ?

Oui. L'arrêt ne fait pas obstacle à la convocation, et l'employeur n'est pas tenu de reporter l'entretien. Il est prudent de le fixer pendant les heures de sortie autorisées et de permettre au salarié de présenter ses observations par écrit s'il ne peut se déplacer.

Le préavis est-il payé si le salarié est toujours en arrêt ?

En principe non : lorsque le salarié ne peut pas exécuter son préavis en raison de sa maladie, l'indemnité compensatrice n'est pas due, sauf dispense accordée par l'employeur ou disposition conventionnelle plus favorable. L'indemnité de licenciement et l'indemnité de congés payés restent dues.

Le cabinet Essentiel A accompagne les employeurs de Lille et de sa métropole confrontés à l'absence prolongée d'un salarié : vérification de la convention collective et de l'origine de l'arrêt, constitution du dossier de désorganisation, sécurisation de la procédure et des documents de fin de contrat, ou négociation d'une sortie amiable. Sur ce terrain, la frontière entre un licenciement valable et un licenciement nul tient souvent à la qualification de l'arrêt et à la rédaction de la lettre. Nos avocats en droit du travail reçoivent à La Madeleine et à Villeneuve d'Ascq.